Pionýrské oddíly jsou základním prostředím pro celoroční činnost, v Pionýru jich je více než 600 a mnohé z nich mají dlouholetou tradici. Jsou tvořeny stálou skupinou členů a vedeny kvalifikovanými vedoucími. Jejich činnost je společným dílem dětí a dospělých.
Pravidelné oddílové schůzky jsou příležitostí k setkávání pionýrů a jejich smysluplné činnosti. Nabídkové programy, hry a soutěže jsou zárukou, že každá schůzka může být originální. Mnohé oddíly pořádají pravidelné víkendové výpravy. Jejich smyslem není jen poznávání nejrůznějších míst, památek, pamětihodností a pobyt v přírodě, ale také pokračování v činnosti, na kterou není během schůzek dost času.
Činnost oddílu je často motivována dlouhodobými hrami, které vrcholí například na letních táborech.
Oddílů je v našem sdružení více druhů. Dělí se hlavně podle zaměření. Nejvíce je všeobecných, které se věnují různým druhům aktivit, druhým nejpočetnějším typem jsou oddíly turistické. V pionýru ale pracují i oddíly sportovní, přírodovědecké, indiánské a podobně.
Některé kolektivy jsou zaměřené na konkrétní věkovou kategorii, většina je však věkově smíšených. V nich často starší pomáhají mladším a ti nejaktivnější postupně dorůstají v nové vedoucí.
Oddíly jsou více než jen organizační jednotkou. Jsou prostorem pro utváření společenství, příležitostí poznat a naučit se novým věcem i zázemím pro rozvíjení zájmů. Podílejí se na výchově k samostatnosti i týmové spolupráci, vedou děti k budoucímu aktivnímu občanství.